會計學研究所係於92學年度正式成立，於93學年度與原隸屬於進修部的夜間部會計系學士班整併，並更名為會計學系暨研究所。95學年度正式成立碩士在職專班，以提供產業人士進修管道。本系日間部學士班於97學年度正式成立，並同時停招進修部學士班。本系碩士在職專班於97學年度併入管理學院高階經理人碩士在職專班(EMBA)會計資訊與管理組，預訂於109學年度更名為會計與管理決策組。迄今，本系有日間部學士班及碩士班各一班。